位于太阳系的第三大行星——地球，在西历2045年面临着有史以来最大的灾难。一颗巨大慧星……划破了南极洲寂静的上空，从天而降。
地震、海啸，冰川融解、海平面上升，始料未及的大灾难，以势不可挡的速度扩散到了附近的岛屿和大陆。
人们还沉浸在失去亲人和家园的悲伤和痛苦中，更大的危机正在悄悄逼近。
沉睡在地底的不明超生物“圣魔”，在陨石的强烈撞击下苏醒了，他们的目标是消灭人类成为地球上新的主宰。
为了对抗从南极洲爬出来的超生物，世界各地的人们共同团结起来，以大总统米希安为代表，组建了不以国籍区分的“人类维和集团”和“米希安军队”。米希安军队集结了世界各地最强大的军事力量，很快歼灭了从消失的南极洲海域爬到陆地上作乱的所有巨型怪兽，取得了首次胜利。
但那群被歼灭的巨型怪兽，仅仅是未完成智力进化被其余圣魔抛弃的兽型圣魔。余下的人形圣魔，会运用名为“圣灵魔法”的超能力，帮助他们腾空飞行的同时，其破坏威力远胜人类创造的所有热兵器。他们占领北美大陆后，在上面建立了属于自己的基地和部落，并时不时对人类发动奇袭。就算是米希安军队，也无法阻止人形圣魔的猛烈进攻，节节败退。
就在人类命运危在旦夕之时，同圣魔一样会使用“圣灵魔法”的神秘超能力者出现了，他们就是由十二人组成的“圣灵使徒”。圣灵使徒带领着人类军队对抗入侵的人形圣魔，一次次取得胜利。
为了给这个战乱的世界带来爱与和平，圣灵使徒向选中的人们传授圣灵魔法，让他们觉醒成为圣灵魔法使，并加入自己的队伍。渐渐的，这支队伍越来越大，并且在世界各地活动，最后成立了以维护世界和平为主的超能力组织“群星”。
与使用圣灵魔法破坏和支配的圣魔不同，圣灵使徒和圣灵魔法使们都相信圣灵女神赋予他们的使命：圣灵魔法，是用来创造奇迹的。